Już w XV wieku istniała w Ełku parafia katolicka p.w. św. Katarzyny, należąca do dekanatu reszelskiego. W 1528 roku w mieście wprowadzono luteranizm. Od tego czasu nieliczni mieszkający tu katolicy nie mieli własnego kościoła. Opieką duszpasterską otaczali ich jezuici ze Świętej Lipki. Dopiero w wieku XIX katolicyzm miał tu większą ilość wyznawców. W 1853 roku utworzono w Ełku placówkę duszpasterską, a w roku następnym oddano do użytku kaplicę tymczasową. W marcu 1871 roku reaktywowano parafię katolicką, zaś w 1893 roku rozpoczęto budowę kościoła. Kościół parafialny p.w. św. Wojciecha i Przemienienia Pańskiego został konsekrowany 19 sierpnia 1903 r. przez biskupa Edwarda Hermanna. Został on odnowiony i odmalowany w 1955 roku. Kolejny, generalny remont, przeprowadzono w latach 1993-1995.

W uroczystość Zwiastowania Pańskiego, 25 marca 1992 roku, św. Jan Paweł II bullą Totus Tuus Poloniae Populus podniósł Ełk do godności stolicy nowo utworzonej diecezji ełckiej, a kościół św. Wojciecha obdarzył tytułem katedry. Powstała diecezja objęła powierzchnię około 11 tys. km kwadratowych. W jej skład wchodzi 151 parafii, skupionych w 16 dekanatach. Na terenie diecezji mieszka ok. 460 tys. osób, z czego 420 tys. przyznaje się do przynależności do Kościoła Katolickiego.
Ordynariuszem diecezji jest bp Jerzy Mazur SVD. Na terenie diecezji pracuje ok. 320 księży diecezjalnych i ok. 40 księży zakonnych. Patronami diecezji są: Maryja, Matka Kościoła, święty Wojciech i święty Brunon.

8 czerwca 1999 r. diecezję nawiedził św. Jan Paweł II. W Ełku odprawił Mszę św., podczas której mówił m.in.:

Chrystus, "światłość świata" (por. J 8, 12), wniósł w dom Zacheusza, a w sposób szczególny w jego serce, swoje światło. Pod wpływem bliskości Jezusa, Jego słów i nauki zaczyna się dokonywać przemiana serca tego człowieka. Już na progu swego domu składa Zacheusz takie oświadczenie: "Panie, oto połowę mego majątku daję ubogim, a jeśli kogo w czym skrzywdziłem, zwracam poczwórnie" (Łk 19, 8). Na przykładzie Zacheusza widzimy, jak Chrystus rozjaśnia mroki ludzkiego sumienia. W Jego świetle poszerzają się horyzonty ludzkiej egzystencji, zaczyna się dostrzegać świat ludzi i ich potrzeby. Rodzi się poczucie więzi z drugim człowiekiem, świadomość społecznego wymiaru człowieka i w konsekwencji poczucie sprawiedliwości. "Owocem bowiem światłości jest wszelka prawość i sprawiedliwość, i prawda", poucza święty Paweł (Ef 5, 9). Zwrot ku drugiemu człowiekowi, ku bliźnim, stanowi jeden z głównych owoców szczerego nawrócenia. Człowiek wychodzi ze swojego egoistycznego "bycia dla siebie" i zwraca się ku innym, czuje potrzebę bycia dla współbraci. Takie rozszerzenie serca w spotkaniu z Chrystusem daje rękojmię zbawienia, jak to ukazuje dalsza część rozmowy z Zacheuszem: "Na to Jezus rzekł do niego: «Dziś zbawienie stało się udziałem tego domu (...). Albowiem Syn Człowieczy przyszedł szukać i zbawić to, co zginęło»".