Franciszek urodził się 22 września 1910 r. we wsi Salno niedaleko Koronowa. Pierwsze nauki pobierał w sąsiednim Wierzchucinie Królewskim, gdzie nauczał jego ojciec. Leon Dachtera był pierwszym wychowawcą, który po odzyskaniu przez Rzeczpospolitą w 1918 r. niepodległości przemówił do dziatwy szkolnej, oficjalnie, na lekcjach, w języku polskim.
W latach 1920-1922 Franciszek uczył się w Wyższej Szkole Chłopców w Koronowie, pobierając jednocześnie nauki języka łacińskiego u tamtejszego wikariusza. W 1922 r. rodzina przeniosła się do Bydgoszczy; chłopak rozpoczął wtedy nauki w Państwowym Gimnazjum Klasycznym. Działał w harcerstwie, należał do koła abstynentów oraz Związku Filomatów Pomorskich.
Po maturze w 1928 r. wstąpił do seminarium duchownego w Gnieźnie. W wolnym czasie lubił wyjeżdżać z harcerzami na obozy i tam opiekować się dziećmi i młodzieżą. W 1933 r. przyjął święcenia kapłańskie. Zaraz potem podjął obowiązki wikariusza w parafii pw. Najświętszej Maryi Panny w Inowrocławiu. Zakładał i kierował oddziałem Katolickiego Stowarzyszenia Młodzieży Żeńskiej, zajmującego się kultywowaniem tradycji patriotycznych. Od 1935 r. uczył religii w gimnazjum i szkole zawodowej w Bydgoszczy.
W 1937 r. podjął zaoczne studia historii Kościoła w Uniwersytecie Jana Kazimierza we Lwowie i ukończył je, jeszcze przed wybuchem II wojny światowej, uzyskując w czerwcu 1939 r. stopień magistra teologii. Dwa miesiące później, na kilkanaście dni przed 1 września, został mianowany administratorem wiejskiej parafii Łubowo pod Gnieznem. Nie zdążył już jej objąć, powołano go bowiem na kapelana wojskowego 62. Pułku Piechoty Wielkopolskiej, wchodzącego w skład 15. Dywizji Piechoty. Po wybuchu wojny wyruszył w stopniu kapitana na front.
17 września 1939 r. dostał się do niewoli. Przez pół roku więziony był w oficerskim obozie jenieckim w Oflagu IX A/Z Rotenburgu koło Fuldy jako jeniec nr 176. Po tym czasie Niemcy przenieśli go pod zarząd obozów koncentracyjnych. Zawieziono go najpierw 24 kwietnia 1940 r. do Buchenwaldu, gdzie pracował niewolniczo w kamieniołomach. Mimo iż podupadł na zdrowiu, nie załamał się. Z Buchenwaldu 7 lipca 1942 r. trafił do Dachau. Został numerem 31199.
Początkowo pracował na plantacji, przy wyniszczających pracach ziemnych i rolniczych, ale w grudniu 1942 r. prof. Karl Klaus Schilling, jeden z niemieckich lekarzy-zbrodniarzy, prowadzących na więźniach badania pseudomedyczne, wybrał go na jedną ze swoich ofiar. Czterokrotnie zarażano go malarią i testowano na nim rozmaite syntetyczne specyfiki, w różnych dawkach i stężeniach. W rezultacie zachorował na żółtaczkę, zaatakowana i znacznie uszkodzona została wątroba i śledziona. Strasznie cierpiał. Poza eksperymentalnymi specyfikami nie dostawał żadnych lekarstw. Przez ostatnie pół roku żył bez środków znieczulających, w nieustannym bólu.
Przed śmiercią zdołano mu udzielić sakramentów. Zmarł 22 sierpnia 1944 r. Bezpośrednią przyczyną zgonu był prawdopodobnie zastrzyk z trucizny. Ciało spalono w obozowym piecu krematoryjnym.
Dzięki wytrwałym staraniom absolwentów bydgoskiego Gimnazjum Klasycznego, komunistyczne państwo nadało ks. Franciszkowi - pośmiertnie, w 1985 r. - medal "za udział w wojnie obronnej 1939 r.", zaś w 1992 r. został uhonorowany za zasługi dla harcerstwa Srebrnym Krzyżem Zasługi z rozetą.
13 czerwca 1999 r. w Warszawie został ogłoszony błogosławionym przez św. Jana Pawła II w grupie 108 męczenników II wojny światowej.