Franciszek urodził się 7 kwietnia 1506 r. na zamku Xavier w kraju Basków (Hiszpania). Jego ojciec był doktorem uniwersytetu w Bolonii, prezydentem Rady Królewskiej Navarry. W 1525 r. Franciszek podjął studia teologiczne w Paryżu. Po uzyskaniu stopnia magistra przez jakiś czas wykładał w College Domans-Beauvais, gdzie zapoznał się z św. Piotrem Faberem (1526), zaś w kilka lat potem (1529) ze św. Ignacym Loyolą. Niebawem zamieszkali w jednej celi. Mieli więc dosyć okazji, by się poznać, by przedstawić swoje zamiary i ideały. Równocześnie Franciszek rozpoczął na Sorbonie studia teologiczne z zamiarem poświęcenia się na służbę Bożą. Duszą całej trójki i duchowym wodzem był św. Ignacy. Razem też obmyślili utworzyć pod sztandarem Chrystusa nową rodzinę zakonną, oddaną bez reszty w służbę Kościoła Chrystusowego. Potrzeba nagliła, gdyż właśnie w tym czasie Marcin Luter rozwinął kampanię przeciwko Kościołowi, a obietnicą zagarnięcia majątków kościelnych pozyskał sporą część magnatów niemieckich i z innych krajów Europy.
Dnia 15 sierpnia 1534 roku na Montmartre w kaplicy Męczenników wszyscy trzej przyjaciele oraz czterej inni towarzysze złożyli śluby zakonne, poprzedzone ćwiczeniami duchowymi pod kierunkiem św. Ignacego. W dwa lata potem wszyscy udali się do Wenecji, by drogą morską jechać do Ziemi Świętej. W oczekiwaniu na statek usługiwali w przytułkach i szpitalach miasta. Kiedy jednak nadzieja rychłego wyjazdu zbyt się wydłużała, gdyż Turcja spotęgowała wtedy swoją ekspansję na kraje Europy, a w jej ręku była ziemia Chrystusa, wszyscy współzałożyciele Towarzystwa Jezusowego udali się do Rzymu. Tam Franciszek otrzymał święcenia kapłańskie 24 czerwca 1537 roku; miał już 31 lat. W latach 1537-1538 Franciszek apostołował w Bolonii, a potem powrócił do Rzymu, gdzie wraz z towarzyszami oddał się pracy duszpasterskiej oraz charytatywnej. Dnia 3 września 1540 r. papież Paweł III zatwierdził ustnie Towarzystwo Jezusowe, a 27 września tego samego roku osobną bullą dał ostateczną aprobatę nowemu dziełu, które niebawem miało zadziwić świat, a Kościołowi Bożemu przynieść tak wiele wsparcia.
W tym samym czasie przychodziły do św. Ignacego naglące petycje od króla Portugalii, Jana III, żeby wysłał do niedawno odkrytych Indii swoich kapłanów. Św. Ignacy wybrał grupę kapłanów z Szymonem Rodriguezem na czele. Ten jednak zachorował i musiał zrezygnować z tak dalekiej i męczącej podróży. Wówczas na jego miejsce zgłosił się Franciszek Ksawery. Oferta została przez św. Ignacego przyjęta i Franciszek z małą grupą oddanych sobie towarzyszy opuścił Rzym 15 marca 1540 roku, by go już więcej nie zobaczyć. Udał się zaraz do Lizbony, stolicy Portugalii, aby załatwić wszelkie formalności. Wolny czas w oczekiwaniu na okręt poświęcał posłudze wobec więźniów i chorych oraz głoszeniu słowa Bożego.

7 kwietnia 1541 roku, zaopatrzony w królewskie pełnomocnictwa oraz mandat legata papieskiego, wyruszył na misje do Indii. Po długiej i bardzo uciążliwej podróży, w warunkach nader prymitywnych, wśród niebezpieczeństw (omalże nie wylądowali na brzegach Brazylii), przybyli do Mozambiku w Afryce, gdzie musieli czekać na pomyślny wiatr, bowiem żaglowiec nie mógł dalej ruszyć. Franciszek wykorzystał czas, by oddać się posłudze chorych. W czasie zaś długiej podróży pełnił obowiązki kapelana statku. Wszakże trudy podróży i zabójczy klimat rychło dały o sobie znać. Franciszek zapadł na śmiertelną chorobę, z której jednak cudem został uleczony. Kiedy dotarli do wyspy Sokotry, leżącej na południe od Półwyspu Arabskiego, okręt musiał ponownie się zatrzymać. Tu Franciszek znalazł grupkę chrześcijan zupełnie pozbawioną opieki duszpasterskiej. Zajął się nimi, a na odjezdnym przyrzekł o nich pamiętać. Wreszcie po 13 miesiącach podróży 6 maja 1542 roku statek przybył do Goa, politycznej i religijnej wówczas stolicy portugalskiej kolonii w Indiach. Spora liczba Portugalczyków żyła dotąd bez stałej opieki kapłanów. Święty zabrał się energicznie do wygłaszania kazań, katechizacji dzieci i dorosłych, spowiadał, odwiedzał ubogich. Następnie zostawił kapłana-towarzysza w Goa, a sam udał się na tak zwane "Wybrzeże Rybackie", gdzie żyło około dwadzieścia tysięcy tubylców-rybaków, pozyskanych dla wiary świętej, lecz bez duchowej opieki. Pracował wśród nich gorliwie dwa lata (1543-1545).
W 1547 roku Franciszek zdecydował się na podróż do Japonii. Za płatnego tłumacza służył mu Japończyk Andziro, który znał język portugalski. Był on już ochrzczony i bardzo pragnął, aby także do jego ojczyzny zanieść światło wiary. Franciszek mógł jednak udać się do Japonii dopiero w dwa lata potem, gdy Ignacy przysłał mu więcej kapłanów do pomocy. Dzięki nim założył nawet dwa kolegia jezuickie w Indiach: w Kochin i w Bassein. W kwietniu 1549 roku z portu Goa Franciszek wyruszył do Japonii. Po 4 miesiącach, 15 sierpnia wylądował w Kagoshimie. Tamtejszy książę wyspy przyjął go przychylnie, ale bonzowie stawili tak zaciekły opór, że musiał wyspę opuścić. Udał się na wyspę Miyako, wprost do cesarza - w nadziei, że gdy uzyska jego zezwolenie, będzie mógł na szeroką skalę rozwinąć działalność misyjną. Okazało się jednak, że cesarz był wtedy na wojnie z książętami, którzy chcieli pozbawić go tronu. Udał się więc na wyspę Yamaguchi, ubrał się w bogaty strój japoński i ofiarował tamtejszemu władcy bogate dary. Władca Ouchi-Yshitaka przyjął Franciszka z darami chętnie i dał mu zupełną swobodę w apostołowaniu. Wtedy udał się na wyspę Kiu-siu, gdzie pomyślnie pokierował akcją misyjną. Łącznie pozyskał dla wiary około 1000 Japończyków. Zostawił przy nich dwóch kapłanów dla rozwijania dalszej pracy, a sam powrócił do Indii (1551). Uporządkował sprawy diecezji i parafii, utworzył nową prowincję zakonną, założył nowicjat zakonu i dom studiów.
Postanowił także trafić do Chin. Daremnie jednak szukał kogoś, kto by chciał z nim jechać. Chińczycy bowiem byli wówczas wrogo nastawieni do Europejczyków, a nawet uwięzili przybyłych tam Portugalczyków. Udało mu się wsiąść na okręt z posłem wice-króla Indii do cesarza Chin. Przybyli do Malakki, ale tu właściciel statku odmówił posłowi i Franciszkowi dalszej żeglugi, przelękniony wiadomościami, że może zostać aresztowany. Wtedy Franciszek wynajął dżonkę i dojechał nią aż do wyspy Sancian, w pobliżu Chin. Żaden jednak statek nie chciał płynąć dalej w obawie przed ciężkimi karami, łącznie z karą śmierci, jakie czekały za przekroczenie granic Chin.
Franciszek, utrudzony podróżą i zabójczym klimatem, rozchorował się na wyspie Sancian i w nocy z 2 na 3 grudnia 1552 roku oddał Bogu ducha zaledwie w 46. roku życia. Ciało pozostało nienaruszone rozkładem przez kilka miesięcy, mimo upałów i wilgoci panującej na wyspie. Przewieziono je potem do Goa, do kościoła jezuitów. Tam spoczywa do dnia dzisiejszego w pięknym mauzoleum - ołtarzu. Relikwię ramienia Świętego przesłano do Rzymu, gdzie znajduje się w jezuickim kościele Il Gesu we wspaniałym ołtarzu św. Franciszka Ksawerego.
Z pism św. Franciszka pozostały jego listy. Są one najpiękniejszym poematem jego życia wewnętrznego, żaru apostolskiego, bezwzględnego oddania sprawie Bożej i zbawienia dusz. Już w roku 1545 ukazały się drukiem w języku francuskim, a w roku 1552 w języku niemieckim.
Do chwały błogosławionych wyniósł Franciszka Ksawerego papież Paweł V w 1619 roku, a już w trzy lata potem, w 1622 r., kanonizował go papież Grzegorz XV wraz z Ignacym Loyolą, Filipem Nereuszem, Teresą z Avila i Izydorem Oraczem. W roku 1910 papież św. Pius X ogłosił św. Franciszka Ksawerego patronem Dzieła Rozkrzewiania Wiary, a w roku 1927 papież Pius XI ogłosił go wraz ze św. Teresą od Dzieciątka Jezus głównym patronem misji katolickich. Jest patronem Indii i Japonii oraz marynarzy. Orędownik w czasie zarazy i burz.

W ikonografii św. Franciszek Ksawery przedstawiany jest w sukni jezuickiej obszytej muszlami lub w komży i stule. Niekiedy otoczony jest gronem tubylców. Jego atrybutami są: gorejące serce, krab, krzyż, laska pielgrzyma, stuła.