Salwator urodził się w miejscowości Cappadocia we włoskich Abruzzach w 1853 r. w katolickiej rodzinie Vincenzo i Annunziaty Lilli. W wieku 17 lat wstąpił do franciszkanów. Rok później złożył pierwsze śluby zakonne. Studia kontynuował w Betlejem i Jerozolimie. Na jego decyzję o wyjeździe miała wpływ m.in. chęć podjęcia działalności misjonarskiej. W 1878 r. został wyświęcony na kapłana. Pozostał jeszcze przez dwa lata w Jerozolimie, pracując w kościele Świętego Zbawiciela i w bazylice Grobu Świętego.
W 1880 r. Salwator wyjechał na swoją pierwszą misyjną placówkę, do armeńskiego Marasco (dzisiejsza Turcja), należącego wówczas do kustodii Ziemi Świętej zakonu franciszkańskiego. Tam przez prawie 15 lat prowadził ożywioną działalność apostolską, głównie wśród zamieszkujących te tereny Ormian. Wielu z nich przyprowadził z powrotem na łono Kościoła.
Oprócz działalności ściśle duszpasterskiej, założył trzy nowe wioski, gromadząc rozproszonych parafian. Organizował miejsca pracy, budował szkoły, szpitale i przytułki dla bezdomnych. Nauczał nowoczesnych zasad sanitarnych i higieny osobistej. Z ofiar i funduszy kościelnych nabył ziemię oraz sprzęt niezbędny dla jej uprawy. Po wybuchu cholery w 1891 r. opiekował się jej ofiarami, niejednokrotnie osobiście pielęgnując chorych.
W 1894 r. został mianowany proboszczem i przełożonym domu franciszkańskiego w Mujuk-Deresa, w odległości 7 godzin jazdy konnej od Marasco. Miejscowość ta znalazła się w centrum terenów objętych straszliwymi prześladowaniami Ormian przez islamskich Turków. Prześladowania te miały wszelkie znamiona ludobójstwa; są niekiedy nazywane ormiańskim holokaustem. Trwały one już od 1890 r., ale właśnie w czasie, gdy proboszczem został Salwator, hordy tureckie najechały Mujuk-Deresa. Namawiano Salwatora, jak i innych braci franciszkańskich, do opuszczenia - dla własnego bezpieczeństwa - Turcji. Salwator jednak odmówił.
W 1895 r. do rektoratu misji franciszkańskiej wdarł sie oddział wojsk tureckich i zażądał od Salwatora natychmiastowego wyrzeczenia się wiary i przyjęcia islamu. Franciszkanin odmówił. Po trzech dniach wraz z kilkoma innymi osobami aresztowano go i przez dwie godziny gnano w kierunku Marasco. Kiedy zatrzymali się nad napotkanym strumieniem, zażądano od nich po raz kolejny, by wyrzekli się wiary i przyjęli islam. Po raz kolejny zdecydowanie odmówili. Wtedy muzułmańscy oprawcy zadźgali ich bagnetami, a ich ciała spalili.
W 1982 r. męczennicy ormiańscy: Salwator Lilli wraz z towarzyszami (siedmiu znanych z imienia to Baldji Ohannes, Khodianin Kadir, Kouradji Tzeroum, Dimbalac Wartavar, Ieremias Boghos, David Oghlou i Toros David) zostali beatyfikowani przez św. Jana Pawła II.