Jan urodził się w Keith (północna Szkocja) w 1579 r. w protestanckiej rodzinie szlacheckiej. W wieku 15 lat został wysłany do Europy na naukę, którą rozpoczął we Francji, skąd w 1595 r. przeniósł się do Leuven (obecnie Belgia), a potem do Ratyzbony i Ołomuńca. Zdobyta wiedza filozoficzna i teologiczna spowodowała nawrócenie na katolicyzm. 24 grudnia 1599 r. wstąpił w Brnie do Towarzystwa Jezusowego. Od 1607 r. był wykładowcą w Wiedniu. Święcenia kapłańskie otrzymał w Paryżu w 1610 r. Później został wysłany do Rouen. Dwa lata starał się o to, by wyjechać na misje do rodzinnej Szkocji. Wreszcie przełożony zakonu, Klaudiusz Aquaviva, w listopadzie 1613 r. wyraził zgodę na wyjazd, mimo że podczas panowania Jakuba I Stuarta trwały w Anglii prześladowania katolików.
W przebraniu żołnierza i pod przybranym nazwiskiem Watson, Jan dostał się do Leith (obecnie dzielnica Edynburga). Odprawiał Msze święte na terenie Renfrewshire (wschodnia Szkocja). Po jedenastu miesiącach działalności, 4 października 1614 r., został aresztowany w Brnie, zadenuncjowany przez fałszywego katolika. Był poddawany torturom, bo chciano, by podał nazwiska innych katolików. Próbowano go trzykrotnie złamać, ale wytrwał. Odmówił poddania się duchowej jurysdykcji króla, uznając jedynie prymat papieża. Nawracanie protestantów na wiarę katolicką uznano za zdradę stanu i 10 marca 1615 r. Jan został skazany na karę śmierci przez powieszenie. Egzekucję wykonano w dniu ogłoszenia wyroku w Glasgow, gdy św. Jana Ogilvie miał trzydzieści sześć lat. Został pochowany w zbiorowej mogile.
Beatyfikował go papież Pius XI w dniu 22 grudnia 1929 r., a kanonizował 17 października 1976 r. papież Paweł VI.

Do przykładu św. Jana Ogilvie odwołał się Benedykt XVI podczas wizyty apostolskiej w Wielkiej Brytanii. Podczas Mszy św. sprawowanej w Glasgow 16 września 2010 r. powiedział do szkockich kapłanów:

Drodzy kapłani Szkocji, jesteście wezwani do świętości i do służenia ludowi Bożemu przez kształtowanie ich życia w tajemnicy krzyża Pana. Głoście Ewangelię czystym sercem i jasnym umysłem. Poświęcajcie się samemu Bogu, a staniecie się dla młodych ludzi jaśniejącymi przykładami świętego, prostego i radosnego życia: oni ze swej strony z pewnością zapragną przyłączyć się do was w waszej, pełnej gotowości służbie ludowi Bożemu. Niech przykład św. Jana Ogilviego, oddanego, pełnego samozaparcia i mężnego, będzie natchnieniem dla was wszystkich.