Józef urodził się 27 grudnia 1737 roku w Saragossie, w zamożnej rodzinie szlacheckiej, która zapewniła mu solidne wykształcenie. Kiedy miał 4 lata, zmarła jego matka, a on wraz z ojcem przeprowadził się do Neapolu, gdzie mieszkała jego siostra, hrabina Arezza. Z kolei po śmierci ojca (Józef miał wtedy 9 lat) wrócił do Hiszpanii i skończył szkołę średnią w kolegium jezuitów w Saragossie. Była to decyzja jego starszego brata, który przejął rządy w rodzinie po śmierci rodziców. W szkole przebywał wraz ze swoim młodszym bratem Mikołajem. W tym okresie swojego życia chorował na tuberkulozę, której efekty - w postaci osłabienia organizmu - dolegały mu już przez całe życie.
W 1753 roku wstąpił do nowicjatu jezuitów w Tarragonie; wraz z nim wstąpił tam także jego brat Mikołaj. Studia w zakresie filozofii kończył w Calatayard, a w zakresie nauk humanistycznych - w Manrezie. Po święceniach kapłańskich przyjętych w 1762 r. pracował jako nauczyciel w szkole podstawowej w Saragossie oraz pełnił funkcję kapelana więziennego; szczególnie gorliwie zajmował się więźniami skazanymi na śmierć. Nazywano go "ojcem wieszanych".
3 kwietnia 1767 roku wydano w Hiszpanii dekret państwowy likwidujący zakon jezuitów. Było to preludium do prześladowań wszystkich zakonów i wszystkich duchownych w czasie rewolucji. Podobne likwidacje nastąpiły szybko także w Portugalii i we Francji. Józef starał się nie poddać w tych strasznych dla Kościoła czasach i podtrzymywał na duchu innych braci zakonnych, a korzystając z tolerancji księcia Parmy, prowadził nawet nowicjat jezuicki. Stał się wówczas nieformalnym liderem hiszpańskich jezuitów. Wszyscy jezuici hiszpańscy zostali w pewnym momencie załadowani na statek przez rząd i wydaleni z kraju. Wiele portów odmawiało im pozwolenia na przybicie do brzegu, aż wreszcie znaleźli schronienie na Korsyce. W 1803 roku Józef został przełożonym zakonu na Białej Rusi, w zaborze rosyjskim. W tym samym roku papież wydał dekret o restauracji zakonu w Neapolu i na Sycylii. Józef udał się tam, by na nowo organizować placówki jezuickie.
Powszechnie kochany za miłość, pokorę, wysoką kulturę i inne cnoty, zmarł w Rzymie 15 listopada 1811 roku. Przyczyną śmierci było prawdopodobnie osłabienie tuberkulozą. Pogrzeb odbył się cicho, gdyż w Rzymie stacjonowały jeszcze wojska francuskie. Józef Pignatelli przeszedł do historii jako człowiek, który obserwował, jak świat wokół niego się wali i pogrąża w ciemności, a jednak nie tylko nie stracił wiary, ale własną siłą wspierał wielu mu współczesnych. Beatyfikował go papież Pius XI w 1933 roku, a kanonizował Pius XII w 1954 roku.